光合成細菌光合成細菌は、土壌が受ける光と熱をエネルギー源に、植物の根から出る分泌物、有機物、あるいは有害ガス（硫化水素など）を基質（エサ）として、窒素化合物のアミノ酸、核酸や生理活性物質、糖類など植物の成長を促進させる多数の有用物質を生合成する働きがあります。

乳酸菌は光合成細菌・酵母からもらい受けた糖類などを基質にして、乳酸をつくり出します。また嫌気状態ではタンパク質をアミノ酸にまで分解します。乳酸には強い浄菌力があり、とくに有害な微生物の繁殖や有機物の急激な腐敗分解を抑制し、発酵分解させる重要な働きがあります。

酵母は、発酵力を生かし、生物の根から出る分泌物、光合成細菌が作り出すアミノ酸や糖類、土壌中の有機物を材料に、作物に有効な物質を生合成します。とくに酵母の作り出すホルモンなどの生理活性物質は根や細胞の分裂を活性化する働きがあります

本来の土の力が蘇り、病害虫に強い元気な野菜、作物が育ちます。

糸状菌（カビ）といえば、腐敗、変質を連想しますが、EMに使用されている糸状菌はアルコール発酵に使用されるアスベルギルス属が中心となっています。アルコールの生成力が強いため、ウジやその他の有害昆虫の発生を防ぐ力があり、悪臭の分離する働きがあります。